Mehrere Jahre beobachtete das Erzbischöfliche Bauamt mit großer Sorge die fortschreitenden und sichtbaren Bauschäden am Putz und am Sandsteingefüge der Türme und des Kirchenschiffes. Die reich gegliederten Sandsteinfassaden haben nicht nur durch die Witterung gelitten, die Luftangriffe am 27. November und 17. Dezember 1944 haben auch ihre Spuren hinterlassen.
In einem 1. Bauabschnitt wurde die Sanierung der Türme in Angriff genommen. Die notwendige Einrüstung hat die Firma Weber-Gerüstbau in Freiburg von Ende Mai bis Ende Juli 1995 erstellt. Das Baugerüst bis zu den Turmknäufen in nahezu 65 m Höhe mit dem grünen Schutznetz bot mehr als ein Jahr lang ein selten zu sehendes, ein ungewöhnliches Bild, für viele interessierte Betrachter eine beeindruckende Perspektive.
Die Turmknäufe, Kreuze und Hahn wurden mit Blattgold beschichtet und bilden als gleißender Blickfang einen krönenden Abschluß der Türme. Am 10. April 1996 hat der Bauleiter die Messingkapsel mit der alten und neuen Urkunde in den südlichen Turmknauf wieder eingesetzt.
Die neu bedachten Türmen bieten bei strahlenden Sonnenlicht ein faszinierendes Bild. In glänzendem Grün mit den in Reihen horizontal eingesteckten weißen Ziegeln präsentieren sich nunmehr die Turmhäupter in einer farbenfrohen und geglückten Symmetrie, die die Kirche vor allem optisch höher erscheinen lässt. Dem bauleitenden Architekten des Erzbischöflichen Bauamtes und planenden Schöpfer dieser beeindruckenden, in leuchtenden Farben weithin sichtbaren Bedachung, Manfred Friedrich, ist es gelungen, das Vermächtnis des Baumeisters Max Meckel wieder neu zu beleben.
Im Schadensbereich der Fassaden wurde der ursprünglich verwendete weiche und verwitterungsanfällige Sandstein aus Walldürn gegen einen Neckartäler Hartsandstein ausgetauscht.
Die Gefahr der Verschmutzung der Kirche durch Taubenkot zwingt vor allem an den Türmen zu besonderen Maßnahmen. Zum einen muss der Einflug in die Türme in Höhe der Glockenstühle verhindert und zum anderen sollen Sandsteinverzierungen möglichst keinen Ruheplatz für Tauben bieten.
Auf Vorschlag des Deutschen Naturschutzbundes wurde in den Turmspitzen jeweils ein Nistkasten mit Einfluglöchern für Turmfalken angebracht. Es wäre erfreulich, wenn auch auf den Türmen der Herz-Jesu-Kirche ein brütendes Turmfalkenpaar beobachtet werden könnte, wie dies von Jahr zu Jahr am Münsterturm möglich ist.