1969 begann die große Umgestaltung des Altarraumes nach den Erfordernissen des Zweiten Vatikanischen Konzils. Die Planung lag in den Händen des Erzbischöflichen Bauamtes. Der Hochaltar mit seinen vier Tafeln wurde ohne Predella in guter Sichthöhe auf einen in hellem Dekor gehaltenen Kunststeinsockel gesetzt. Mit dem neuen, von Bildhauer Bruno Knittel in Freiburg geschaffenen Zelebrationsaltar in gleicher Tönung ist eine eindrucksvolle harmonische Gestaltung des Chorraumes gelungen.
Die Planung brachte auch eine völlige Umgestaltung der Seitenaltäre mit sich. 1958 hat der Kunstmaler Robert Sperlich hinter den Altären in den Seitenschiffen ein Marien- und ein Josefsfenster nach Entwürfen von Hans Baumhauer gestaltet. Den Marienaltar im südlichen Seitenschiff schmückte die 1962 von Bildhauer Siegfried Fricker in Jestetten in Eichenholz gefertigte Marienstatue, während auf dem Altar im nördlichen Seitenschiff die Statue des 1957 von Bildhauer Franz Spiegelhalter geschaffenen hl. Josef stand.
Um die Bedeutung der Taufe stärker ins Bewusstsein zu rufen, hat man einen für alle Kirchenbesucher gut sichtbaren, in Kunststein gehauenen Taufstein in der Apsis der bisherigen Marienkapelle errichtet. Die dahinter angebrachten Tafeln des Johannesaltares mit der Darstellung der Taufe Jesus im Jordan versinnbildlichen eindrucksvoll dieses Sakrament. Die farbenfrohen Tafeln hat der Historienmaler Martin von Kiedrich um 1900 gefertigt.
Die 1952 am vorderen linken Vierungspfeiler errichtete Kanzel hatte durch die Benützung des Ambos ihre Bedeutung verloren und wurde aus Sichtgründen entfernt. Sie steht nun im Pfarrgarten.
Im Juni 1972 war die Umgestaltung beendet. Am Herz-Jesu-Fest, am 11. Juni 1972, hat Erzbischof Dr. Hermann Schäufele, den neuen Zelebrationsaltar geweiht.